Introduction à la cartographie et à l'assemblage de génomes

L'assemblage d'un génome complet à partir de millions de séquences d'ADN fragmentées est l'un des puzzles les plus complexes de la biologie moderne. Sans plan structurel, la résolution des régions répétitives est presque impossible. Ce cours fournit une introduction claire et étape par étape à la cartographie du génome, en vous montrant comment les cartes physiques et génétiques sont utilisées pour guider un assemblage génomique de haute qualité. Vous commencerez par la terminologie fondamentale et les principes de base de l'architecture génomique avant d'explorer les méthodologies de cartographie classiques et contemporaines. Ce que vous apprendrez : 1. Comprendre les différences critiques entre les cartes génétiques, physiques et optiques du génome. 2. Explorer les techniques de cartographie traditionnelles, y compris les banques de clones BAC et la cartographie par hybridation de rayonnement. 3. Apprendre à utiliser des génomes de référence étroitement apparentés pour échafauder et guider de nouveaux assemblages. 4. Découvrir les algorithmes d'échafaudage modernes et les stratégies d'intégration de lectures longues. 5. Analyser et valider la qualité de l'assemblage à l'aide de mesures bioinformatiques standard. Ce cours textuel est conçu pour les débutants en bioinformatique, les étudiants en biologie computationnelle et les développeurs de logiciels faisant la transition vers les sciences de la vie. Aucune connaissance avancée en génétique n'est requise. Commencez à lire dès aujourd'hui pour construire une base solide en reconstruction génomique.